Preaqueça o forno a 190°C e unte levemente um refratário de 23×33 cm com manteiga e polvilhe farinha de trigo.
Descasque, corte as batatas-doces em pedaços grandes e cozinhe em água fervente até ficarem macias ao espetar com um garfo, cerca de 15 a 20 minutos. Escorra, deixe esfriar um pouco e amasse até obter um purê liso.
Em uma tigela grande, misture o purê de batata-doce com 1/2 xícara (chá) de manteiga sem sal derretida, 1/2 xícara (chá) de açúcar, 2 ovos, 1/4 xícara (chá) de leite integral, 1 colher (chá) de extrato de baunilha, 1 colher (chá) de canela em pó, 1/2 colher (chá) de noz-moscada em pó e 1/4 colher (chá) de sal; mexa até ficar homogêneo.
Espalhe a mistura de batata-doce no refratário preparado, nivelando a superfície.
Em outra tigela, misture 1/2 xícara (chá) de farinha de trigo, 1/2 xícara (chá) de açúcar mascavo claro e 1 xícara (chá) de nozes-pecã picadas; regue com 2 colheres (sopa) de manteiga sem sal derretida e misture até formar uma farofa solta.
Polvilhe a farofa de pecã sobre a camada de batata-doce e leve ao forno por 25 a 30 minutos, até que a cobertura fique dourada e o recheio borbulhe.
Deixe o suflê descansar por 5 minutos antes de servir.