Verwarm de oven voor op 190 °C en vet een vierkante ovenschaal (ongeveer 23×23 cm) licht in.
Kook de macaroni volgens de aanwijzingen op de verpakking tot hij al dente is. Giet af en zet apart.
Schil de Granny Smith-appels, verwijder het klokhuis en snijd ze in blokjes.
Verhit in een ruime koekenpan op middelhoog vuur de eerste portie ongezouten roomboter. Voeg de appelblokjes, suiker en kaneel toe en bak, onder af en toe roeren, 5–7 minuten tot de appels iets zachter zijn. Haal van het vuur.
Klop in een ruime kom de eieren los. Voeg de melk, de rest van de suiker, de lichtbruine basterdsuiker, de resterende kaneel, nootmuskaat, vanille-extract en een snufje zout toe en klop tot een glad mengsel.
Spatel voorzichtig de macaroni en de gebakken appelblokjes door het eier-melkmengsel. Schep het mengsel in de ovenschaal.
Smelt de tweede portie roomboter en sprenkel deze over de ovenschotel.
Bak de ovenschotel 35–45 minuten tot de bovenkant goudbruin is en het midden gestold (een mes dat je erin steekt komt er schoon uit). Kleurt de bovenkant te snel, dek dan losjes af met aluminiumfolie.
Laat de ovenschotel 10–15 minuten rusten voordat je hem serveert.