Verwarm de oven voor op 190 °C. Zet een ovenschaal van ongeveer 23×33 cm klaar.
Breng een grote pan met ruim gezouten water aan de kook.
Voeg de macaroni toe en kook tot hij beetgaar is (al dente) volgens de aanwijzingen op de verpakking. Giet daarna af en zet opzij.
Smelt in een ruime steelpan op middelhoog vuur de ongezouten roomboter.
Strooi de bloem erbij en klop 1–2 minuten constant tot er een roux ontstaat.
Voeg geleidelijk melk toe terwijl je blijft kloppen, totdat de saus glad en klontvrij is.
Blijf regelmatig roeren en laat de saus 5–7 minuten zachtjes doorkoken tot hij dik genoeg is om een lepel te bedekken.
Haal de pan van het vuur en roer de geraspte cheddarkaas en Monterey Jack-kaas door de saus tot de kaas volledig gesmolten is.
Breng de kaassaus op smaak met zout, zwarte peper en een snufje gemalen nootmuskaat.
Voeg de uitgelekte macaroni toe aan de kaassaus en schep voorzichtig om zodat alle pasta bedekt is met saus.
Schep het macaroni-kaasmengsel in de voorbereide ovenschaal.
Bestrooi eventueel met panko broodkruimels.
Bak 25–30 minuten in de oven totdat het langs de randen borrelt en de bovenkant goudbruin en licht krokant is.
Haal de schaal uit de oven en laat 5–10 minuten rusten voor je het serveert.