In una padella capiente o in una casseruola dal fondo spesso, scaldare 2 cucchiai di olio extravergine d'oliva a fuoco medio. Aggiungere la cipolla tritata e cuocere, mescolando di tanto in tanto, finché non diventa morbida e traslucida, circa 5-7 minuti.
Unire l'aglio tritato e i fiocchi di peperoncino (facoltativi) e far cuocere per 1 minuto, mescolando e facendo attenzione a non bruciare l'aglio.
Versare la polpa di pomodoro, aggiungere l'origano secco, 1 cucchiaino di sale e ½ cucchiaino di pepe nero. Portare a leggero sobbollire, poi abbassare la fiamma, coprire e cuocere per 20-30 minuti, mescolando di tanto in tanto.
Nel frattempo, portare a ebollizione abbondante acqua salata in una pentola capiente. Cuocere gli spaghetti al dente per 8-10 minuti. Prima di scolarli, tenere da parte circa 250 ml di acqua di cottura, poi scolare la pasta.
Unire gli spaghetti scolati e le foglie di basilico spezzettate al sugo. Mescolare bene, aggiungendo se necessario qualche cucchiaio di acqua di cottura messa da parte per ottenere la consistenza desiderata.
Servire subito con una spolverata di Parmigiano Reggiano grattugiato e qualche foglia di basilico fresco per guarnire.