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Backofen auf 190 °C (Ober-/Unterhitze; bei Umluft 170 °C) vorheizen und eine Auflaufform (ca. 23 × 33 cm) bereitlegen.
Wasser in einem großen Topf zum Kochen bringen und kräftig salzen.
Makkaroni ins kochende Wasser geben und nach Packungsanweisung al dente kochen. Abgießen und beiseitestellen.
In einem großen Topf bei mittlerer Hitze die Butter schmelzen.
Weizenmehl (Typ 405) hinzufügen und unter ständigem Rühren 1–2 Minuten anschwitzen, bis eine helle Mehlschwitze entsteht.
Langsam und unter Rühren die Vollmilch dazugießen, bis die Sauce glatt und klumpenfrei ist.
Unter häufigem Rühren weiterköcheln lassen, bis die Sauce dick genug ist, um den Rücken eines Löffels zu bedecken (ca. 5–7 Minuten).
Vom Herd nehmen und den geriebenen Cheddar-Käse sowie den geriebenen Gouda unterrühren, bis der Käse vollständig geschmolzen ist.
Sauce mit Salz, frisch gemahlenem Pfeffer und einer Prise Muskatnuss abschmecken.
Gekochte Makkaroni unter die Käsesauce heben, bis alle gleichmäßig überzogen sind.
Mischung in die vorbereitete Auflaufform geben.
Nach Belieben Semmelbrösel gleichmäßig darüberstreuen.
Im vorgeheizten Ofen 25–30 Minuten backen, bis an den Rändern Blasen aufsteigen und die Oberfläche goldbraun und leicht knusprig ist.
Aus dem Ofen nehmen und vor dem Servieren 5–10 Minuten ruhen lassen.