Den Backofen auf 190 °C Ober-/Unterhitze (170 °C Umluft) vorheizen und eine Auflaufform (ca. 23 x 23 cm) leicht einfetten.
Die Makkaroni nach Packungsanleitung in reichlich Salzwasser al dente kochen, abgießen und beiseitestellen.
Die Äpfel schälen, entkernen und würfeln.
In einer großen Pfanne bei mittlerer Hitze 30 g Butter schmelzen, Apfelwürfel, 50 g Zucker und 1/2 TL Zimt zugeben und unter gelegentlichem Rühren 5–7 Minuten anschwitzen, bis die Äpfel leicht weich sind. Dann vom Herd nehmen.
In einer großen Schüssel 2 Eier, 360 ml Milch, 50 g Zucker, 55 g hellbraunen Zucker, 1/2 TL Zimt, 1/4 TL Muskatnuss, 1 TL Vanilleextrakt und eine Prise Salz mit einem Schneebesen glatt verrühren.
Die abgetropften Makkaroni und die angeschwitzten Apfelwürfel vorsichtig unter die Eier-Milch-Mischung heben und alles in die vorbereitete Auflaufform geben.
Die restlichen 30 g Butter schmelzen und gleichmäßig über den Auflauf träufeln.
Den Auflauf 35–45 Minuten backen, bis die Oberfläche goldbraun und die Mitte fest ist (ein hineingestecktes Messer sollte sauber herauskommen). Falls er zu schnell bräunt, die Form locker mit Alufolie abdecken.
Den Auflauf vor dem Servieren 10–15 Minuten abkühlen lassen.